Tras su estancia en Ciudad Real y Colorado, trabajó entre 1996 y 2001 como catedrático en el Instituto de Física Teórica en la Universidad de Innsbruck, Austria.

Su investigación se centra en la teoría cuántica de la información.

Ha desarrollado un sistema de computación basado en mecánica cuántica que se espera permitirá diseñar algoritmos mucho más rápidos en el futuro.

Aparte de su interés en teoría cuántica, ha investigado sobre gases cuánticos degenerados, sistemas atómicos fuertemente correlacionados y sistemas óptico-cuánticos.

[8]​ Juan Ignacio Cirac ha recibido numerosos premios a lo largo de su carrera.