Sin embargo, tuvo poco impacto positivo sobre su hermano, quien gobernó imprudentemente.
También pudo haber animado a Enno para reintroducir el Catolicismo en Frisia Oriental.
En 1538, Juan contrajo matrimonio con Dorotea de Austria, la hija ilegítima del emperador Maximiliano I.
Carlos nombró a Juan stadtholder del Ducado de Limburgo y de los tres Territorios Más Allá del Mosa (holandés: Landen van Overmaas; en francés: Pays d'Outremeuse).
Además, se convirtió en drossaard (juez y primer ministro) del Castillo de Valkenburg.