Cuando el concilio iba a comenzar, Juan no había llegado.
El emperador Teodosio II envió a Antioquia y Alejandría un tribuno, Aristolas, para forjar las paces entre estos patriarcados.
En abril del mismo año, Juan firmó una fórmula preparada por Cirilo en la cual condenaba a Nestorio, de modo que Cirilo escribió al papa Sisto III (432-440) afirmando que las paces habían sido selladas.
Como consecuencia, muchos obispos siríacos cortaron relaciones con Juan afirmando que él mismo había sido alejado de la fe, además de eso el diácono católico Máximo consideraba a Juan muy connivente con tales herejes.
Juan, por medio de su poder civil, intentó deliberadamente acabar con el cisma, sin embargo, no logró éxitos.