Comenzó en las divisiones inferiores del Club Cerro Porteño, donde a la edad de 18 años sufrió una fractura de tibia y peroné que le hizo dejar las canchas por un año, esta lesión casi le hace tomar la decisión de dejar el deporte, pero con el apoyo de su familia y su club, Juan vuelve a retornar a las canchas.
[1] En el año 2012 disputaría la Copa Libertadores Sub-20 con Cerro Porteño,[2] llegando hasta los cuartos de final, donde fue eliminado por Corinthians en penales (1-4).
Este mismo año sería también el debut de Juan en la primera división con Cerro Porteño, fue en un partido contra el Club Tacuary en el que terminaría 5-1 a favor de su equipo, en este mismo partido convertiría su primer gol.
[3] A mediados del 2013, llegando a tener más regularidad con su equipo sufrió una lesión en el quinto metatarsiano del pie derecho, que lo dejó fuera el resto de la temporada.
[4] Para el 2014, ya recuperado de su lesión viajó a Tobatí con su equipo para realizar la pretemporada, para las competencias del 2014.