Juan Cristóbal todavía era menor de edad cuando heredó el Condado, y sus tíos, Eitel Federico IV de Hohenzollern y Carlos II de Hohenzollern-Sigmaringen, asumieron la regencia y la tutela.
Sirvió en el ejército imperial y vivió la mayor parte del tiempo en Viena.
En 1608, en Sigmaringen, contrajo matrimonio con su prima María Isabel (1592-1659), hija de su ex tutor, el conde Carlos II de Hohenzollern-Sigmaringen.
[1] Su padre había empezado la construcción de la iglesia católica del castillo.
Como no tenía hijos, fue sucedido por su hermano menor, el conde Carlos de Hohenzollern-Haigerloch.