Junto con su hermano mayor Cristián II del Palatinado-Zweibrücken-Birkenfeld , fue educado por Felipe Jacobo Spener y luego estudió en la Universidad de Estrasburgo.

En 1671 Juan Carlos y su hermano heredaron conjuntamente el condado palatino de Birkenfeld.

En los pactos con su hermano Christian II firmados en 1681 y 1683, Juan Carlos fue designado para la administración de Gelnhausen.

[1]​ Juan Carlos se casó con su primera esposa, la princesa Sofía Amalia de Zweibrücken (1646–1695), en 1685 en Weikersheim.

En agosto, Johann Carl había llegado a un acuerdo (Vertrag) en este sentido con su hermano mayor, pero luego cambió de opinión.