Al mismo tiempo, profundizó en sus estudios de música en Bilbao y comenzó a hacer trabajos para la televisión en 1984.
Ha sacado álbumes de pop, ha trabajado para la televisión, la danza, el cine y ha creado música para teatro, ha compuesto obras de música contemporánea, y ha estrenado dos obras para orquesta sinfónica: Bizkaieraz e Itoiz Suite.
Aun así, no ha dado la espalda a la música pop, sino que ha alternado con ese género los últimos veinte años.
Escribió una obra para cuarteto de cuerda en 1997, Blues for String Quartet, y en el VIII.
Las fuatro composiciones están en el álbum Quatuor (No-CD Rekords, 1997) que grabó Arkadius String Quartet.
En mismo género, algunas obras que ha creado Juan Carlos Pérez son la composición para quinteto de viento Zazpi dantza; la sonata para flauta y piano Gintonic 8:40 in the blue night; los trabajos para saxofón y percusión Foxtrot eta Zortziko...
En los últimos años, Pérez ha estado presentando el directo Hiriko istorioak, con el grupo formado por Fernan Irazoki (batería), Gonzalo Tejada (contrabajo), Andrzej Olejniczak (saxofón), Rubén Salvador (trompeta) y Alberto Urretxo (trombón).
Juan Carlos Pérez también ha hecho trabajo de producción para otros grupos en todos estos años: Jotakie, Tahúres Zurdos, el trikitilari Laja, Maixa ta Ixiar, Sugan...