En 1987, creó una productora para una serie de cortos y anuncios publicitarios.

En 2001 dirigió Intacto, película con la que consigue el Premio Goya al mejor director novel.

El realizador Steven Spielberg ofreció a Fresnadillo dirigir un proyecto financiado por su productora DreamWorks.

La película, de título provisional Wednesday, será un thriller ambientado en Los Ángeles, donde se desarrollará una persecución desesperada.

Su nuevo proyecto iba a ser convertir el videojuego BioShock en película; al principio destinada a Gore Verbinski — director de Piratas del Caribe, entre otras—, pero por desavenencias con la productora, finalmente Fresnadillo fue elegido para el rodaje hasta que el proyecto fue cancelado.