Formado en la cantera del Joventut, formaba junto con Antonio Martín, Ferran Martínez, Carlos Ruf y Santiago Aldama una nueva generación de pívots españoles que superaban los dos metros y diez centímetros de altura.

Debuta muy joven con el primer equipo del Joventut, y su potencial físico hace que rápidamente llame la atención y sea seleccionado para jugar el torneo preolímpico en el que tiene una actuación muy destacada, pero sufre una terrible lesión de tobillo en un partido frente a Italia lo que le mantendrá lejos de las canchas durante un tiempo y no podrá disputar los Juegos olímpicos de 1988.

El equipo de Badalona entró en declive económico y Juanan Morales tuvo que abandonar su disciplina.

Tras estos dos años y con la aplicación de la sentencia Bossman al mundo del baloncesto, se le abrieron las puertas de Europa y se marchó a la liga griega, donde jugó tres años en el PAOK Salónica BC con una temporada intermedia en que regresó a la ACB, concretamente al equipo del TAU.

Sus últimas temporadas las jugó en Italia con el Basket Rimini y con el equipo griego del Olympiacos BC.