Jotaro aparece nuevamente pero como aliado principal en la cuarta parte de la saga Diamond Is Unbreakable y con un rol clave en el sexto arco, Stone Ocean, donde Jotaro ayuda a Jolyne y compañía.

Incluso en una ocasión Araki e Eastwood se conocieron y el mangaka le pidió al actor que posara como Jotaro, Eastwood lo hizo y Araki le obsequió un cuadro especial de Jotaro.

Jotaro era un chico sobresaliente, un estudiante modelo, amable y de gran corazón.

Un vez libre, su abuelo le revela la existencia de DIO, su retorno convertido en usuario de stand y como esto resonó en el resto del linaje otorgándoles a todos un stand, por lo que deseaba enrolarlo para buscar y destruir al vampiro.

Al final de la tercera saga, Jotaro descubre que Star Platinum también puede detener el tiempo al igual que The World de DIO, inicialmente por dos o tres segundos, y en la cuarta saga hasta 2 segundos.

Al final Jotaro mata a DIO con la excusa de que este "lo hizo enojar".

Estando en Japón, Jotaro se da cuenta de que un mal se avecina en la pequeña ciudad de Morioh, y así, su estancia en Japón se convierte en otra extraña aventura, teniendo que enfrentar a múltiples usuarios de Stand enemigos para al final enfrentarse al asesino en serie Yoshikage Kira.

Al final Jotaro regresa a USA junto con Joseph y la bebé Shizuka.

Años después Jotaro regresa para reencontrarse con su hija, Jolyne Kujo, ahora en prisión por un crimen que no cometió.