Su nombre está inspirado en un restaurante familiar donde Hirohiko Araki se reunía con su editor, Jonathan’s Coffe & Restaurant.

[2]​ Jonathan aparece en el primer capítulo del primer volumen de Phantom Blood y aparece hasta el final de la primera parte del manga, donde éste muere y su cuerpo es robado por su malévolo hermano adoptivo, Dio Brando.

Ese mismo accidente trajo indirectamente a Dio Brando en su vida, porque Dario Brando, el padre de Dio, sin saberlo, salvó al padre de Jonathan, mientras se disponía a robar al carruaje destrozado.

Doce años más tarde, Darío al parecer muere de enfermedad y Dio se va con los Joestars.

Dio sigue atormentando Jonathan y más tarde incluso mata a su perro, Danny, quemándolo vivo en represalia por la golpiza que recibió de parte de JoJo cuando supo lo que le había hecho a Erina.

Durante la batalla, Jonathan, desesperado por las pérdidas ocasionadas, agarra a Dio y lo tira varios pisos hacia abajo, en la última estancia le empalma en una estatua de la diosa.

Aparece como personaje jugable en el videojuego exclusivo de PlayStation, J-Stars Victory VS.