Josu Ortuondo comenzó a dar sus primeros pasos en el fútbol en la cantera del Athletic Club.

También jugó en el Atlético Español de México, el Lorca y el Córdoba, donde se retiró en 1984.

En esta etapa destacan sus más de 400 partidos como técnico del Extremadura en cuatro periodos diferentes.

Días después de la derrota del Linares CF, en julio de 1989, Josu Ortuondo y tres jugadores del Linares CF (Agustín Expósito Catarro, Francisco Javier Martínez Romero y Alberto Calvo Vallina) fichan por el At. Madrileño (para jugar en Segunda División en la temporada 1989-90) Esa temporada, el Atlético Madrileño baja a Segunda División B.

Fue entrenador de Primera División, con el Extremadura, en la temporada 1996-97 y, con el Salamanca, en la campaña 1998-99.