Por entonces había aprendido euskera y comenzó su militancia política en la izquierda independentista vasca.

En 1981 la policía detuvo a su entonces novia y futura mujer, Elena Bartolomé, por supuesta vinculación con la banda terrorista ETA.

[3]​[4]​ Fue entonces cuando Josu Muguruza se dio a la fuga y marchó clandestinamente al País Vasco francés para evitar su detención.

[7]​ Aunque no era muy conocido por la opinión pública, se convirtió en una persona con peso e influencia dentro de la izquierda abertzale.

Muguruza es considerado por muchos analistas y políticos como uno de los líderes en la sombra de Herri Batasuna, con un peso político real mayor que figuras más conocidas como podían ser Iñaki Esnaola o Jon Idigoras.

El que fuera presidente del PNV, Xabier Arzalluz, lo llegó a calificar como «general de Herri Batasuna».

[11]​ El periodista nacionalista Pepe Rei junto a Edurne San Martín cuenta en el libro Alcalá 20-N los hechos acaecidos y las conclusiones realizadas tras sus investigaciones al margen de la sentencia judicial.

Otro dirigente de HB, Santiago Brouard, ya había sido asesinado también un 20-N, cinco años antes.