Thomson hizo su debut en UFC 44 derrotando a Gerald Strebendt por nocaut en la primera ronda.

En su segunda pelea derrotó por decisión a Hermes França en UFC 46.

[1]​ Thomson ganó la pelea por nocaut técnico, convirtiéndose en el primer peleador en noquear a Diaz.

La victoria le valió para ganar su primer premio al KO de la Noche.

Antes de convertirse en peleador profesional a tiempo completo, Thomson trabajó en la construcción.