Fue hijo de Heinrich, conde Hoyos-Sprinzenstein (1804-1854) y de la condesa Felicia Zichy (1809-1880).
Tras descubrirse la situación en la mañana del día 30 de enero de 1889 fue el encargado de viajar a Viena para informar a la madre de Rodolfo, la emperatriz Isabel en el Hofburg de la cercana Viena, quien a su vez le comunicó a Francisco José I la noticia.
En el mes de febrero que siguió a la Tragedia escribió el conocido como Memorándum Hoyos, destinado a explicar las razones por las que desconocía la presencia de Mary Vetsera en el pabellón de caza de Mayerling esa noche.
Murió en Reichenau, en el hotel Edlacherhof, con la sola compañía de su sirviente Jakob.
[2] Un camino en la montaña alpina de Großes Höllental, que conduce a Raxalpe, lleva el nombre del Joseph Hoyos.