Váchal fue el hijo de Josef Aleš-Lyžec y Anna Váchalová – sus padres nunca se casaron.
Váchal tuvo relaciones con los representantes del modernismo católico pero no estaba de acuerdo con la fe cristiana y estaba interesado en el ocultismo.
Después de la revolución comunista en 1948 estuvo aún más aislado y sus obras fueron rara vez vistas en público.
Váchal se dedicó sobre todo a la obra gráfica visualizando su perspectiva de la manera simple y expresiva.
Los libros producidos de esta manera como Krvavý Román (La Novela Sangría), Šumava Umírající a Romantická (Šumava moribunda y romántica) o Receptář Barevnho Dřevotisku (Recetario de Xilografía Coloreada) son las obras más importantes del arte checo del siglo XX.