A los 22 años, José Rafael se casó con María Luisa Legorreta Sánchez Godoy, viuda del capitalino Vicente Cuéllar, y con ella procreó tres hijos, José Felipe, José Trinidad y María Guadalupe Polo Legorreta, uno de los cuales llegó a ser fundador y primer alcalde del municipio de Polotitlán.

De Tlalchalpa se dirigieron a Sultepec, donde la Junta fijó su residencia, quedando en aquel punto José María Liceaga y José Sixto Verduzco, pues Rayón se separó para hacer algunas incursiones en Zinacantepec y Toluca.

Destinó entonces a los oficiales en quienes más confianza tenía para que ocuparan diversos territorios.

“El sitio tenía una importancia estratégica, ya que desde su altura se distinguían con toda claridad las fincas y poblados a una distancia de 20 leguas.

En las superficies convexas del cerro, Polo situó el campo, construyó barracas y abrió caminos para comunicar a los cerros pequeños que cercados de cañadas profundas circunvalaban la peña principal.

Tomadas todas la previsiones necesarias Rayón continuó su marcha, saliendo de Aculco para Nopala el día 12 de septiembre y llegó a Huichapan un día después.

Y aunque se ofreció a éste el indulto con la condición de que sus hermanos depusieran las armas, ante la obstinación de estos fue fusilado en San Juan del Río.

Meses después Polo volvió a reunirse ahí con su gente y con las gavillas de Francisco Rayón, Atilano y Epitacio Sánchez, para responder en Arroyozarco contra las fuerzas de Cristóbal Ordóñez.

Durante los subsiguientes meses Polo, junto con Magos, los sobrevivientes Villagranes, Epitacio Sánchez, los Anaya, Joaquín Gutiérrez, Herrero y Quintanar, redobló sus ataques contra San Juan del Río, Encinillas, Arroyozarco, Nopala, Huichapan y Tula.