José Martínez Fontes fue un militar español y gobernador del Paraguay desde 1761 hasta 1764.

Gracias al vínculo amistoso que tenía con Pedro de Cevallos, fue designado por este como nuevo gobernador del Paraguay en reemplazo de Jaime Sanjust.

Comandó una expedición al Chaco para castigar a los indígenas tobas, quienes generaban desórdenes en la zona.

Con esta expedición, ejecutó a los adultos mayores de la tribu con quien se encontraba y logró desalojar a los sobrevivientes de esa zona.

Estas acusaciones, si bien nunca fueron mostradas como ciertas, hizo que el monarca aprobara las propuestas del Consejo de buscar un sucesor para Fontes y solicitó nuevos informes desde la provincia.