Fue nombrado alcalde en 2007, pero posteriormente se cerro el pacto, donde Izquierda Unida y el Partido Socialista de Andalucía formaron una moción de censura donde saldría elegido como alcalde José María Román Guerrero.

Finalmente, en las últimas elecciones municipales salió elegido Marín como alcalde por segunda vez, ya que el Partido Popular consigue ser la lista más votada en la ciudad, aunque no tomó la mayoría absoluta.

Esto le permitió formar un gobierno que se mantuvo hasta las municipales de 2011.

En las Elecciones Municipales de 2011, el PP y Partido Vecinal Regionalista de España formaron una coalición que llevó a Ernesto Marín a la alcaldía.

Llegando a ser investido por quinta vez en la alcaldía tras las Elecciones Municipales de 2019.