Nació en una casa del barrio de Jerusalén antes Chacoatzi y hoy calle que lleva su nombre en el municipio de Chiautempan.

Fueron sus padres Eusebio Mariano Saldaña y Manuela Estefanía.

En 1848 fue nombrado Jefe Político de su territorio siendo ya diputado federal.

Cuando la capital del país fue ocupada por fuerzas francesas en 1863, decidió marcharse con su gobierno hacia la sierra norte de Puebla.

Manuel Saldaña es nombrado Presidente del Tribunal Superior de Justicia.