Bautizado el mismo día de su nacimiento por su tío el padre José Antonio Ruíz y Castrillón; se desconoce si recibió formación académica, no obstante los registros históricos revelan que fue casi nula.En censo levantado en el año de 1787, se describía a don José Joaquín como un hombre soltero, vivía en su casa paterna y tenía derecho, junto con sus hermanos, sobre una mina situada en el sitio conocido como San Miguel, en la cual había seis esclavos.La negativa de ambos motivó al juez poblador a dirigir una carta al gobernador manifestando esta dificultad, que años atrás había sido zanjada haciendo los estudios sobre el perjuicio causado a los dos últimos, en los que se había dictaminado la plena viabilidad de la fundación.Al año siguiente don José Joaquín, enterado del hallazgo, encomendó a su hermano José Pablo María y a Fernando Arias Bueno, explorar el territorio en compañía de un grupo de los primeros fundadores.[3] Al terminar su vinculación con el distrito, Ruíz y Zapata se dedicó enteramente a la administración de sus negocios particulares.
