En 1803 traduce un trabajo sobre la calentura biliosa o fiebre amarilla de Benjamín Rush.

Se había hecho famoso por su actitud contraria a la independencia de Venezuela.

Entre 1810 y 1811 redactó junto con Miguel José Sanz, el Semanario de Caracas.

Como historiador escribió Recuerdos sobre la rebelión de Caracas (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).

Fue gracias a José Domingo Díaz que se conoció la célebre frase de Bolívar: «Si la naturaleza se opone, lucharemos contra ella y haremos que nos obedezca», cuando el terremoto de 1812, palabras que el mismo José Domingo Díaz calificó de «impías y blasfemas», para acusar a Bolívar de herejía y ateísmo en su larga lucha ideológica contra los independentistas.