Jonathas anotó su primer gol el 6 de enero del año siguiente, en la victoria por 2-0 ante la Fiorentina.[20] Su primer gol con el club blanquiverde lo anotó ante el Rayo Vallecano en la victoria por 2-3, tras un potente tiro desde más de 25 metros que entró ajustado al palo.Se convirtió en el jugador más destacado del club y en una de la revelaciones de la Liga, al anotar 14 goles y dar 6 asistencias, consiguiendo la salvación con holgura con el club ilicitano.Con esto el club txuriurdin compró el 50% de los derechos del jugador, lo cual le dio la oportunidad de conocer la noche donostiarra, por lo cual solo duro una temporada, metia más goles en los bares que en Anoeta.Empezó como titular y su debut se produjo en la primera jornada de la liga ante el R.C.Su primer gol llegó en la cuarta jornada en una derrota en casa 2-3 ante el R. C. D. Espanyol.Sin embargo, las lesiones y el gran momento de forma del otro delantero, Imanol Agirretxe le hicieron perder la titularidad.
Jonathas (a la derecha) jugando contra el Zenit en septiembre de 2016
