Por otro lado, era cuñado de Oliver Cromwell, y se le recuerda por ser el primer secretario de la prestigiosa "Royal Society" londinense.

Hombre polifacético, se interesó por la Teología, la Criptografía (es autor de la primera obra sobre este tema en lengua inglesa), la música, la fabricación de colmenas transparentes (con la idea de estudiar el comportamiento de estos afanosos animales), la posibilidad de un viaje a la Luna (en una Utopía muy del momento posbaconiano, El descubrimiento del mundo en la Luna), así como por la posibilidad de construir un lenguaje mundial artificial, una lengua filosófica, aspecto que en el que se insistiría hasta finales del siglo de las Luces.

Desarrollando esta idea fue autor de la primera lengua sintética (mejor dicho, "lengua artificial filosófica de uso universal") que dio a conocer en sus libros: Su lengua ideal se basa en realidad en dos lenguas: la primera de ellas es escrita y consta de ideogramas (o "caracteres reales"), a modo de signos taquigráficos que resultan impronunciables; la segunda es fonética y está destinada a ser pronunciada por el lector.

En relación con su obra lingüística, el escritor argentino Jorge Luis Borges escribió el ensayo: "El idioma analítico de John Wilkins", en el cual discute la pertinencia de las clasificaciones.

El texto se publicó por primera vez en la colección Otras inquisiciones, y comienza comentando la alegada supresión del artículo "John Wilkins", en la décima cuarta edición de la Enciclopedia Británica.