Más tarde Sheridan estuvo casado por poco tiempo con Elizabeth Lochley, otra recién graduada como él, pero se divorciaron en paz al darse cuenta de que su matrimonio no podía perdurar.
Por su acción, Sheridan fue condecorado y se convirtió también en uno de los pocos héroes humanos que sobrevivió a la guerra.
Sheridan pasó los siguientes años al frente del Agamemnon en misiones exploratorias y diplomáticas.
Al principio Sheridan tuvo algunas dudas iniciales sobre tomar el mando de Babylon 5 porque temía convertirse en un burócrata, pero después de ayudar a rescatar al EAS Cortez, comandado por su amigo el capitán Maynard, él se dio cuenta de que estaba en el correcto lugar Sheridan pronto descubrió que el nuevo presidente de la Alianza Terrestre, Clark, que había sucedido a Santiago, que había muerto, estaba convirtiendo lentamente a la Alianza Terrestre en una dictadura, cuya presencia se hacía palpable a través de la nueva organización Nightwatch, que actuaba contra disidentes pacíficos y que se parecía a un grupo paramilitar.
Más tarde encontró pruebas de que Clark realmente había organizado el asesinato del difunto presidente Santiago como sospechaba y lo sacó a la luz.
Esto, y estando en peligro por la investigación contra él por el asesinato de Santiago, llevó a Clark a declarar la ley marcial en toda la Alianza Terrestre para salvarse e imponer su ambición bajo la mentira de una amenaza hacia la Tierra que había que combatir utilizando ese acontecimiento para ello.
Clark consiguió su propósito, pero desencadenó con ello una guerra civil, en la que cometía atrocidades.
Finalmente las Sombras entraron en acción de forma abierta y Sheridan utilizó la estación para aglutinar las razas contra ellos con ayuda de Kosh y los vorlons, el cual en represalia fue asesinado por las Sombras por su papel en lo ocurrido.
[3] En su huida llegó a un agujero profundo hacia el centro del planeta.
Por instrucción de Kosh, que había escondido parte de su ser en Sheridan él se tiró a ese agujero para evitar ser cogido, pero no sin antes lanzar a la Estrella Blanca y sus bombas sobre la capital.
También le salvó la vida por el camino aunque también significaba que ya solo podría vivir a causa de los ocurrido 20 años más.
Lorien entonces convenció a ambos bandos a partir con él y los demás hacia "más allá del borde" de la galaxia y no volver para dar a las nuevas razas la galaxia que ahora les correspondía para que se continuasen desarrolando solos y fuesen luego los nuevos profesores de las venideras razas sin repetir los fallos que hicieron ellos.
[6] Sheridan regresó a Babylon 5 y se concentró desde entonces a solidificar la alianza surgida para eventuales futuros enfrentamientos, mientras que se concentró también en actuar contra Clark, que había convertido la Alianza Terrestre con sus acciones en un lugar de guerra civil.
Finalmente él declaró la guerra a Clark por sus atrocidades cada vez mayores.
[1] Una vez allí Sheridan actuó como presidente durante otros 18 años pudiendo superar en ese puesto todas las crisis que empezaron a aparecer en el año en que se fue de Babylon 5.
Allí Lorien apareció y le llevó con los Primeros al más allá.