Se desempeñó como séptimo gobernador del Territorio de Utah.

[1]​ Nacido en Lewisburg, Pensilvania Shaffer participó activamente en la política republicana en Illinois.

Luego, en 1856, fue elegido alguacil del condado de Stephenson, Illinois.

Fue nombrado gobernador del Territorio de Utah por el presidente Ulysses S. Grant.

Era conocido por su estricta oposición a cualquier indicio de rebelión contra el gobierno federal, lo que generó preocupaciones con la población mormona.