Bernhisel nació en Sandy Hill, Tyrone Township, cerca de Harrisburg, Pensilvania.

El Dr Bernhisel sirvió como médico personal del máximo líder de Mormón, y aún llegó a vivir en su casa.

Se instaló en Salt Lake City, Utah en 1848 y continuó ejerciendo la medicina.

La pareja tuvo un hijo, también llamado Juan Milton Bernhisel (nacido en 1846).

Según los registros públicos de los SUD, tuvo solo dos esposas, y de su matrimonio con Elizabeth Barker, la única adicional con quien tuvo hijos (un varón, William H Bernhisel, nació en 1849 en Utah, y pueden haber habido tantos como otros cinco niños con Elizabeth Barker).