[4]​ Magufuli manifestó su respeto a la constitución tanzana por lo que no buscaria un tercer mandato según un portavoz del partido.

A los pocos años también obtuvo una maestría y un doctorado en Ciencias químicas por la misma universidad.

Trabajó durante un tiempo como profesor en la Escuela Secundaria Sengerema y más tarde como químico industrial.

[7]​ Durante esa legislatura comenzó trabajando en el gabinete del nuevo presidente Benjamin William Mkapa, como viceministro de Obras.

[8]​ Seguidamente tras haber sido reelegido el mismo gobierno en las Elecciones del 2000, pasó a ser ministro de Obras.

[7]​ Tras el anuncio del presidente Jakaya Mrisho Kikwete diciendo que no se volvía a postular en el cargo, el día 12 de julio de 2015 John Magufuli, durante un congreso interno fue elegido como líder del partido y candidato presidencial, superando en ello a las políticas Asha-Rose Migiro y Amina Salum Ali.

La nueva legislación también elimina el derecho de las compañías mineras a recurrir al arbitraje internacional.

Sin embargo, esta política anticorrupción también ha "asustado a los inversores, que ahora temen tener que lidiar con la justicia tanzana, y ha debilitado el crecimiento", según Zitto Kabwe, uno de los líderes del partido de oposición Chadema.

Su política se basó entonces en pedir a sus compatriotas "rezar" para combatir la enfermedad y en criticar las medidas de Occidente.

[21]​ A finales de enero del 2021 en un discurso dijo al respecto: «Deberían mantenerse firmes.

[24]​[25]​ La vicepresidenta Samia Suluhu anunció su fallecimiento en un mensaje televisivo a la nación,[26]​ asumiendo la presidencia del país conforme la constitución para el resto de mandato hasta 2025.