Posteriormente se unió en 2006 a Rob Zombie, banda de la cual formó parte hasta 2022 junto a Ginger Fish y Piggy D. Paralelamente cuenta con su proyecto solista "John 5 and the Creatures".

Además de ser el guitarrista principal para Marilyn Manson, Rob Zombie y Rob Halford, ha escrito y tocado con músicos que van desde Mötley Crüe hasta Tina Guo.

Allí empezó una larga amistad con los miembros de dicha banda, incluyendo una estrecha amistad con Paul Stanley, que en 2006 se vio recompensada con su invitación para participar del álbum Live to Win del cantante.

Ellos produjeron un EP homónimo, pero la banda se disolvió cuando Lowery fue elegido entre 2000 guitarristas para tocar en la gira de K. D. Lang.

“Simplemente me dio el nombre allí mismo en el almuerzo... y fui el quinto miembro de Marilyn Manson ".