Igualmente, llevó a cabo la recopilación de la llamada Colección de Travesías y Viajes que ocurren bajo su nombre.

En 1698 le confiaron con la entrega de la séptima serie de las conferencias de Boyle, "Objeciones ateas contra la existencia Dios y sus cualidades justamente consideradas y refutadas completamente".

Entre 1702 y 1704 dirigió en el Café del Puerto de Birchin Lane, las conferencias matemáticas llevadas a cabo por Charles Cox.

John Harris demostró ser siempre un ardiente partidario del gobierno inglés, lo que le supuso enfrentamientos con varias personalidades de su época, entre ellas, el Reverendo Charles Humphreys, que más tarde sería capellán.

Se cree que murió sumido en la más absoluta pobreza, principalmente, por la mala gestión que había hecho de sus ahorros a lo largo de su vida.