En 1843 se trasladó a Leiden como profesor extraordinarius y en 1845 fue ascendido al rango de ordinarius.

A través de Scholten, Abraham Kuenen (1828-1891) se interesó en la teología, aunque por aquel momento, Scholten tenía un posicionamiento más moderado que con el paso de los años iría radicalizándose.

Priorizando en primer lugar el estudio de teología dogmática y luego la filosofía de la religión, Scholten publicó un trabajo sobre los "Principios de la Teología de la Iglesia Reformada" (2 volúmenes, 1848-1850, 4 ª ed.

A continuación, prestó especial atención al Nuevo Testamento, escribiendo un estudio crítico del Evangelio de Juan (1864, en alemán 1867).

Los otros trabajos más destacados de Scholten fueron: