Sus buenos rendimientos tanto en su club como en la selección alemana, llevaron a que Werder Bremen lo contrate, fichó para la temporada 2013/14.

Tuvo una gran primera temporada, en la que disputó las 26 fechas jugadas, y con 19 goles fue el pichichi del torneo.

Tuvo un gran primer semestre, por lo que fue convocado para defender al club en la categoría sub-19 debido a la lesión de un jugador.

Werder Bremen quedó en quinta posición con la sub-17, Eggestein estuvo presente en 25 partidos, anotó 22 veces y concretó 6 pases de gol.

El 2 de septiembre entrenó por primera vez con el plantel profesional del Werder Bremen.

Además, jugó la Copa de Alemania juvenil, quedaron eliminados en la semifinal, pero colaboró con 2 goles y 2 asistencias en los 3 partidos que disputaron.

[6]​ Jugó su primer partido amistoso con los profesionales el 12 de julio, se enfrentaron Altglienicke y ganaron 2 a 1, Johannes ingresó en el segundo tiempo.

[8]​ Tuvo participación en la mayoría de partidos amistosos, jugó contra 1860 Múnich,[9]​ Huddersfield Town,[10]​ Real Betis,[11]​ Dinamo Dresde,[12]​ Chelsea,[13]​ y Meppen.

Luego lo pasaron a la reserva del club, para que tenga continuidad y siga formándose.

Debutó en tercera división el 26 de agosto, fue titular, anotó un gol y derrotaron 4-2 al VfL Osnabrück.

El 14 de noviembre, jugó contra Chipre y anotó sus dos primeros goles con la categoría, ganaron 5 a 1.

Tres días después se enfrentaron a Países Bajos, nuevamente fue titular, pero fueron vencidos 1-2.