Debutó en el Grasshopper-Club Zürich de su país en 1992, destacando su rendimiento en el campeonato local y fuera de estas fronteras, lo que lo hizo pasar al PSV Eindhoven de Holanda en 1999, obteniendo tres ligas que lo tuvieron como protagonista.

Su rendimiento lo llevó el 2005 a recalar en el AC Milan italiano, lo que ha significado el despegue de su carrera internacional.

En verano de 2006 da el salto a la Liga Española, firmando por el Real Betis Balompié como parte del traspaso del futbolista brasileño Ricardo Oliveira al conjunto lombardo.

Vogel, que hizo su debut con la selección nacional con 18 años frente a Grecia, es el pilar principal de Suiza, donde llegó a ser capitán con 22 años.

Representó a su país en la Eurocopa 96, pero no se clasificó para la fase final de la Copa Mundial de Fútbol ni para la Eurocopa 2000.