En el otoño de 1717 comenzó a trabajar como violinista en Karlsruhe, donde se casó con Maria Salome Rollwagen, con la que tuvo ocho hijos.
En 1734 se convirtió en maestro de capilla en la corte del Duque de Sajonia-Eisenach.
María murió en 1737 y para 1742 Molter se había vuelto a casar con Maria Christina Wagner.
Desde 1747 hasta su muerte, Molter estuvo contratado por el Margrave Carl Friedrich de Baden, hijo de su primer patrón.
Las obras conservadas de Molter incluyen un oratorio, varias cantatas, más de 140 sinfonías, oberturas y diversas piezas para orquesta; abundantes conciertos, incluidos varios de los primeros escritos para clarinete y 2 conciertos para trompeta, así como piezas de música de cámara.