Hecker nació en una familia de educadores en Werden, Prusia.

Tras completar sus estudios en el gymnasium de Essen, estudió Teología, lenguas antiguas, medicina y ciencias naturales en la Universidad Martín Lutero de Halle-Wittenberg.

En 1729 se convirtió en profesor del colegio Francke Pädagogium, enseñando materias como Latín, Griego antiguo, hebreo, alemán, religión, historia, aritmética, botánica, anatomía, Fisiología y Química.

[1]​ En 1747 fundó la primera Realschule, la "Ökonomisch-Mathematischen Realschule" ("Realschule económico-matemática") en Berlín, por lo que Hecker es considerado el fundador de la escuela secundaria orientada a la práctica, para la que diseñó un huerto escolar y a la que en 1748 se dotó de un primer seminario de profesores prusianos.

[3]​[1]​[2]​ En la Realschule se formaba a los jóvenes que no eran adecuados para una educación clásica y, sin embargo, en este centro podrían obtener una educación práctica para preparar un carrera en el campo de los negocios, la fabricación o las bellas artes.