Fue enviado a Italia por el emperador Fernando III para perfeccionar su arte con Giacomo Carissimi[1]​ y Girolamo Frescobaldi , probablemente al mismo tiempo que Johann Jakob Froberger.

Por el testimonio del segundo hijo de Johann Sebastian Bach, Carl Philipp Emanuel, se sabe que se tenía gran respeto por la música de Kerll.

Haendel reutiliza el tema de un soneto suyo en su oratorio Israel en Egipto.

Su obra, dispersa en numerosos manuscritos y algunas piezas editadas, incluye misas (tres volúmenes), varios temas vocales de música religiosa, incluidos un Réquiem (dos volúmenes) y música instrumental para órgano, clavicordio e instrumentos de cuerda.

Una de sus misas, su Misa "In fletu solatium obsidionis viennensis" la compuso tras experimentar el asedio de las tropas otomanas a Viena en 1683.