Giant Sand se trasladaron a Tucson en 1994, donde Burns y Convertino formarían parte de Friends of Dean Martinez, su primer proyecto paralelo que abandonarían en 1996.

En el mismo año formarían Spoke, nombre que cambiarían por Calexico poco más tarde, alternando su presencia tanto en este nuevo proyecto como en su primer grupo Giant Sand.

Tras la grabación de Road Map (1999), un disco en directo de tirada limitada disponible únicamente en sus conciertos, editaron su siguiente álbum Hot Rail en 2000, en el que su sonido sufrió una evolución al incorporar instrumentos como violines, trompetas y trompas así como influencias del jazz y la música mariachi.

En 2004 la banda contribuyó con la canción Burnin' Down the Spark a la reaparición de Nancy Sinatra con su disco homónimo.

En el mismo año volvieron a colaborar con Françoiz Breut en algunos temas del álbum de la artista francesa titulado Une Saison Volée.

En la canción Roka contaron con la participación de la cantante jiennense Amparanoia, quien ya les había acompañado en sus giras como corista.