Al año siguiente, en las pruebas de clasificación para los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, fue 4.ª en los 400 m vallas y 5.ª en los 100 m vallas, por lo que no pudo competir en los Juegos (donde solo van las 3 primeras en cada prueba).

Paradójicamente en las semifinales de los 100 m vallas había hecho su mejor marca personal con 12,67, un tiempo con el que se hubiera clasificado sin problemas.

Pasó los siguientes dos años en blanco, primero debido a una lesión y más tarde porque estuvo trabajando en East St.

Decidió abandonar los 400 m vallas para centrarse únicamente en la prueba corta, y los resultados fueron excelentes.

Ya en las semifinales hizo su plusmarca personal con 12,48, y en la final se impuso con un nuevo récord olímpico de 12,37 que además la convirtió en la más rápida del mundo ese año, la 6.ª en el ranking mundial de todos los tiempos.

Joanna Hayes era la segunda mujer estadounidense en ganar el oro olímpico en los 100 m vallas, tras Benita Fitzgerald-Brown en Los Ángeles '84.

Disputó la final, pero sufrió una caída en una de las últimas vallas y no pudo terminar la prueba.