En 1646 se convirtió en el tercer gobernador holandés de Ceilán neerlandés y, siete años más tarde, en el Gobernador general de las Indias Orientales Neerlandesas.

Estuvo en ese puesto durante 25 años, que fue el mandato más largo de cualquier gobernador general.

La colonia neerlandesa en las Indias floreció bajo Maetsuycker.

Bajo su gobierno, los portugueses perdieron Ceilán (1658), la costa de Coromandel (1658) y Malabar (1663); Makassar fue conquistada (1667), se ocupó la costa occidental de Sumatra y se llevó a cabo la primera expedición al interior de Java.

En 1664, se casó con Elisabeth Abbema, de 24 años, hija del predicador Fredericus Abbema y viuda de Simon Cos, gobernador de Ambon.