[1] En 2010 João de Deus sustituyó a José Diego Pastelero Corbacho en el banquillo de la AD Ceuta, el exjugador de la Liga lusa, dio el salto al fútbol español convencido en aplicar sus conocimientos y conseguir el ascenso con su nuevo equipo.
El técnico caballa estuvo acompañado en su comparecencia por Nicola Popovich y Marco Tabuas, que hicieron las funciones de segundo entrenador y preparador de porteros respectivamente.
[2] Ese mismo año vuelve a Portugal para entrenar al Sporting Clube Farense (2010-2011) Atlético Clube de Portugal (2011-2012).
Desde la temporada 2012 entrena a la União Desportiva Oliveirense.
En 2013 le llega la oportunidad de dirigir a un equipo de la Primera División de Portugal, el entrenador llega a un acuerdo para rescindir su contrato como técnico del União Desportiva Oliveirense (Segunda División) para firmar un vínculo de dos temporadas con el Gil Vicente Futebol Clube, donde sustituirá a Paulo Alves.