A pesar de que el Jingi-kan en teoría estuvo al mismo nivel que el Daijō-kan, el Jingi-kan estuvo bajo su control.
El Jingi-kan se encargaba del clero y los rituales shinto en todo el país.
Desde el siglo X al XV, el clan Shirakawa Hakuo mantenía el poder del cargo, aunque posteriormente perdió poder de mandato.
Fue reinstaurado durante la era Meiji en 1869, con diferentes nombres durante los siglos XIX y XX hasta que fue desmantelado el 2 de febrero de 1946 con la separación de poderes entre la religión y el Estado.
Desde entonces la organización Jinja Honchō es la encargada de la administración de los santuarios shinto en Japón.