Es considerado el mejor jugador del mundo según la Asociación Mundial de Futsal (AMF).
Es referente en el microfútbol capitalino desde que tenía 7 años de edad cuando empezó a jugar Jhon Pinilla siempre marcó diferencia entre sus rivales con talento innato.
En 2009, Pinilla regresa a Colombia para integrar el Bucaramanga FSC en el recién creado campeonato profesional de microfútbol, logrando en la misma temporada el título;[2] se mantuvo en el equipo un año más logrando el subcampeonato en 2010.
En la temporada 2016 ingresa al recién creado equipo Taz Santander, donde obtiene por tercera y cuarta ocasión el título nacional, aprovechando que es la primera vez que se juegan dos torneos en un mismo año, pero de nuevo se queda corto en torneos internacionales al quedar Segundo en la Copa de las Américas de 2017.
[6] En el plano internacional, consigue su tercera Copa de las Américas en 2019 venciendo en la final a Caciques del Quindío, cobrando así revancha de la final perdida en el torneo local el año anterior.