Fue presidente del Partido Comunista de Nepal (Marxista-Leninista Unificado) (PCN (UML)).

Posteriormente, se unió al Partido Comunista de Nepal (Marxista-Leninista Unificado) (PCN (UML)).

[3]​ Khanal recibió 368 votos en el parlamento de 601 miembros, mientras que sus rivales más cercanos, Ram Chandra Poudel del Congreso Nepalí y Bijay Kumar Gachhedar del Foro de Derechos del Pueblo Madhesi, obtuvieron 122 votos y 67 votos respectivamente.

Dieciséis rondas de votación en el parlamento desde julio no pudieron elegir un nuevo primer ministro ya que ningún partido político podía reunir una mayoría.

[3]​ Sin embargo, el 3 de febrero de 2011, el Partido Comunista Unificado de Nepal (Maoísta) (el partido más grande de Nepal) retiró a su candidato, Pushpa Kamal Dahal, y respaldó a Khanal, quien como resultado se convirtió en el tercer Primer Ministro de Nepal desde que se convirtió en una república en 2008.