Debutó como profesional en el equipo continental luxemburgués Leopard-Trek Continental Team, filial del RadioShack-Nissan.

Jesús Ezquerra comenzó sus pasos en el ciclismo a la edad de nueve años en el club ciclista colindres.

En 2011 fue campeón de Cantabria en ruta sub-23[1]​ y ganó la Vuelta a Palencia.

En octubre de 2024, tras siete temporadas compitiendo con el Burgos-BH, anunció su retirada.

Siguió vinculado al equipo ejerciendo de director deportivo.