Al despedir Jerónimo a Hus, cuando este partió para asistir al concilio, le exhortó a ser valiente y firme, declarándole que si caía en algún peligro él mismo acudiría en su auxilio.
Después de algunos meses, las crueldades de su encarcelamiento le causaron a Jerónimo una enfermedad que puso en peligro su vida, y sus enemigos, temiendo que se les escapase, le trataron con menos severidad aunque dejándole en la cárcel por un año.
Pronto fue llevado otra vez ante el concilio, pues sus declaraciones no habían dejado satisfechos a los jueces.
Desvirtuó su anterior retractación y, a punto de morir, exigió que se le diera oportunidad para defenderse.
Al censurarse a sí mismo por haber negado la verdad, dijo Jerónimo: "De todos los pecados que he cometido desde mi juventud, ninguno pesa tanto sobre mí ni me causa tan acerbos remordimientos como el que cometí en este funesto lugar, cuando aprobé la inicua sentencia pronunciada contra Wyclif y contra el santo mártir, Juan Hus, maestro y amigo mío.." Volvió con esto a estallar la tempestad de ira, y Jerónimo fue devuelto en el acto al calabozo.
Fue al suplicio cantando, iluminado el rostro de gozo y paz.