A la edad de 20 años, VanderMeer leyó la novela The Infernal Desire Machines of Doctor Hoffman de la escritora Angela Carter, afirmando que esa obra «me dejó pasmado, me impactó mucho en mi cerebro: nunca había encontrado nunca una prosa como ésta, con tal pasión y audacia en las páginas».
En el año 2000 su novela The Transformation of Martin Lake ganó el premio de la fantasía del mundo.
Tres años más tarde, en 2003, VanderMeer se casó con Ann Kennedy, editora de la pequeña revista Buzzcity Press y la revista Silver Web, viviendo ambos en Tallahassee, Florida.
En 2014, de la mando de la editorial Farrar, Straus y Giroux, publicó su mayor éxito: la trilogía Southern Reach, que consiste en las novelas Aniquilación, Autoridad y Aceptación, centrándose en una agencia secreta que gestiona las expediciones a un punto de la Tierra, protegido y deshabitado, conocido como Área X, donde han dejado de aplicarse las leyes de la física conocidas y con una naturaleza desbordada.
La escritura de VanderMeer ha sido descrita como «evocadora (con) observaciones intelectuales profundas e inquietantes»[7] y ha sido comparada con las obras de Jorge Luis Borges,[7][8] Franz Kafka y Thoreau.