En 2010, lanzó el álbum History of Forgotten Things liderando una banda llamada Jed Whedon and the Willing.
Ayudándolo en la composición del álbum estuvieron su esposa Maurissa Tancharoen y su amiga mutua, la actriz Felicia Day.
Junto a Felicia Day, compuso la música de las canciones (Do You Wanna Date My) Avatar y I'm the One That's Cool para la serie web The Guild, dirigiendo también los videos musicales para dichas canciones.
Por su trabajo en Dr. Horrible's Sing-Along Blog, Jed ganó dos Streamy Awards por Mejor guion para una serie web de comedia y Mejor música original para una serie web.
Juntos tienen una hija, Bennie Sue Whedon, nacida en junio de 2015.