Entró en política y fue elegido diputado republicano por el departamento de Tarn en 1885.

Se alineó con los «herederos» de Jules Ferry y entre los «oportunistas», republicanos socialmente moderados.

Para él, por aquella época, los «radicales» que encabezaba Clemenceau eran demasiado exigentes, y los socialistas violentos y peligrosos para el orden republicano que se estaba reconstruyendo.

Siendo profesor en Toulouse llevó a cabo una tesis doctoral sobre los orígenes del pensamiento socialista alemán, que acentuaron su vocación social, y se presentó en las listas municipales por Toulouse.

Jaurès se consagró a la defensa continua y resuelta de los obreros en lucha.

En el Languedoc vitícola visitó a los vendimiadores libres de Maraussan, que crearon la primera bodega cooperativa.

Al principio del caso Dreyfus, Jaurès no tomó partido con claridad.

Se opuso por esa época a los marxistas ortodoxos, cuyo líder era Jules Guesde y para quien Dreyfus era un oficial burgués, por lo que su defensa no se estimaba prioritaria.

La cuestión no era si Dreyfus era un privilegiado o un explotador; era un hombre que sufría injustamente y los socialistas debían oponerse a cualquier injusticia.

En 1954, con ocasión del cuarenta aniversario del fallecimiento de Jaurès, se creó en su ciudad natal, Castres, el Museo Jaurès; reinaugurado oficialmente por François Mitterrand el 24 de noviembre de 1988, se reconvirtió en el Centro Nacional y Museo Jean-Jaurès (CNMJJ).