Se enfrentaron a ellos en un conflicto conocido como Bleeding Kansas, que fue un preludio de la guerra civil iniciada el 12 de abril de 1861 y que luego continuó durante esa contienda.
Se sumaron durante la guerra a las tropas de la Unión y fueron muy activos en Misuri, que era un estado esclavista.
Obtuvieron mala fama por haber cometido atrocidades durante el conflicto, como el saqueo de Osceola (Misuri).
Durante la contienda el nombre Jayhawkers era también el sobrenombre del Séptimo de Caballería de Kansas, liderado por el coronel Charles R. Jennison.
Hoy día, el término jayhawker se sigue aplicando a las personas de Kansas.