Jay Dee Daugherty se trasladó a Nueva York en 1974, donde fundó la banda Mumps junto a sus amigos de la escuela Lance Loud y Kristian Hoffman.
Durante la pausa tomada por Smith para recuperarse de una caída de un escenario,[1] ayudó al periodista musical Lester Bangs formar una banda con el guitarrista Robert Quine.
Tocó y grabó con artistas como Willie Nile, The Roches, The Beat, Richard Barone, Holly Beth Vincent y Richard Lloyd o Billy Idol, Mark Knopfler, Washington Squares, Joey Ramone y otros artistas de Nueva York.
Se trasladó a Sídney, donde fue miembro de la banda The Church entre 1990 y 1993.
Desde la vuelta de Patti Smith en 1995, Daugherty volvió a tocar con ella, componer y coproducir.